柱壓問題在我們所熟悉的基本色譜分離方程式中，分離度R和柱效（N）、選擇（a）以及容量k’相關，和柱壓無關。 但柱壓（P）仍是HPLC方法中的重要參數之一，因為柱壓反映了色譜柱的狀況。
現今能承受400 bar壓力的HPLC泵很常見，色譜柱如在遠低于上限的壓力下正常運行，不需要我們關注；當柱壓升高接近上限或者柱壓有異常升高，往往意味著色譜柱出狀況了，需及時進行維護和補救，嚴重時色譜柱就已報廢了。本節將詳細觀察柱壓問題并提出可行的解決方案。
●K0是比深透性系數，對填充床，其值約為0.001。（通過此公式可近似計算出給定色譜條件下的理論柱壓。只有當新柱實際測得的柱壓和理論柱壓相差很大，才能說柱壓存在問題。）
●黏度 (η)取決于流動相溶劑的選擇，為減少柱壓，反相色譜中傾向于選擇低黏度的乙腈，而不是高黏度的異丙醇。當然選擇時還需考慮溶劑強度、及性、分析物的溶解度以及和分析物兼容性等。
●柱長（L）增加分離度（R），流速（F）能加快分離，但都會導致柱壓上升，選擇這些運行參數時，需綜合平衡和折中。
●填料粒徑對柱壓影響大，dp減少一被，柱壓將增加4被。UHPLC中采用的sub-2 μm填料，柱壓約過普通HPLC泵的400Bar上限很多。
●柱溫減少低黏度η，相應減少柱壓。在梯度洗脫時，黏度隨流動相組成的變化而改變，柱壓也會處在不斷變化中。對水/甲醇流動相體系，在55：45時，黏度和柱壓有個值。
●內徑的影響同樣很大，根據線流速相同柱壓相同的原則，4.6mm內徑的色譜柱流速為1ml/min，約相當于在2.1mm內徑色譜柱上的0.2ml/min流速，在10mm半制備色譜柱上的5ml/min，計算公式為v＝1.0ml/min x（內徑r/4.6）2。所以在換不同內徑色譜柱時，請及時調整流速，以免因高柱壓損壞色譜系統。
柱壓下降的原因一般是儀器系統的連接有泄漏，柱壓不穩定一般認為是流路中有氣泡或空穴，和色譜柱相關的柱壓問題是一般都是柱壓上升。
通過觀察色譜柱基本構造，和柱壓相關是入口端篩板（inlet frit）以及其后面1-2cm長度的柱頭填料。篩板上有比填料粒徑小的小孔，篩板上的小孔或柱頭填料的間隙被部分堵塞，是柱壓上升的主要原因。
有以下幾類情況可能導致這種情況：
一 、填料破碎和使用后有填料粉末生成填料破碎一般在裝柱過程中發生，裝柱壓力過大或所選硅膠機械強度過低所至，設定柱壓出廠標準可解決。而流動相中高pH值緩沖鹽使硅膠溶解并重新形成填料粉末，則會堵塞出口端篩板。這種情況下反沖不起作用，只有換后篩板，不過打開承壓的后篩板，對柱床會有不好影響。
二、顆粒物堵塞引起柱壓上升和對策
可能堵塞入口端篩板（前篩板）和柱頭填料間隙的顆粒物來源有：
●樣品（制樣時灰塵和濾紙等帶入）；
●進樣閥密封圈磨損；
●流動相（溶劑本身含有和配制過程進入）；
●液相儀器中泵閥密封圈的磨損；
●緩沖鹽析出（一般在梯度運行和進樣時鹽的溶劑環境改變導致）；
●水和緩沖鹽流動相內生長的雜質，也是顆粒物來源的一種，可堵塞篩板和填料間隙。應減少將這類流動相在室溫下久放，可放入冰箱存放。
對此，我們能做的方制措施和解決辦法有：
1) 預制措施
1.過濾：樣品（標準品）和流動相過濾，既方制了篩板、柱頭和毛細管堵塞，又能減少進樣閥、活塞桿和截止閥等儀器關鍵部件的磨損。普通用0.45um孔徑濾膜過濾樣品和流動相，對使用2um以下填料的高壓柱的，可用0.20um濾膜。濾膜材質有纖維素、聚四氟乙烯、尼龍、硝酸纖維和纖維等，須根據和樣品溶劑及分析物的適應性慎重選擇。
2.使用在線過濾器：在線過濾器內裝有可換的濾片，濾片孔徑一般有2um和0.5um兩種。安裝位置有兩個可選擇：在進樣器和色譜柱之間時，對樣品和流動相中的顆粒物都有用；在泵和進樣器之間，則只對流動相有過濾作用。
3.使用保護柱：保護柱是縮小版的色譜柱，內含帶填料的可換的柱芯，安裝在進樣閥和色譜柱之間，用于色譜柱的化學污染為主，也有過濾顆粒物的作用。
2) 故障解決
1.反沖色譜柱：不連接檢測器，直接將堵在前篩板上的顆粒物沖出排到廢液瓶中。開始時反沖壓力可低于正常使用壓力，待顆粒物有沖出后，逐步沖洗壓力。有時顆粒物已嵌入到篩板里面，反沖不湊效，早反沖、勤反沖相對好。有的廠商為減少堵塞，使用了較大孔徑（2-5um）的前篩板，這種情況反沖會將填料沖出。
2.換篩板：一般不建議這樣做，因為換篩板會帶走粘在篩板上的部分填料，使柱床的均一性受影響，導致柱效下降。不過如果反沖不能解決問題，也只能不得已而為之，要不然就要把色譜柱報廢了。3.如果系統中不接色譜柱，柱壓仍然高，說明泵出口到色譜柱之間的其它部位，包括進樣器、在線過濾器和保護柱等有堵塞，可逐一排查。為了減少死體積，毛細管都做得盡可能的細，也可能被堵。
三、化學污染物引起柱壓上升和對策
來源同樣是樣品、流動相和系統，不過來源于樣品的污染普遍，是對復雜基體樣品未經前處理或前處理不夠的時候。化學污染物主要有：分子量很大的化合物、鹽類、脂質、蠟類、油脂、腐殖酸、蛋白質等其它生物來源的物質。
●像鹽類這樣的保留能力小的污染物會在死體積處很快從柱中洗脫出去，檢測器一般對此類物質響應不大，有時表現為干擾峰、基線波動、負峰。
●保留能力中等的污染物，會被慢慢清理色譜柱，表現為寬峰、基線饅頭形波動和基線緩慢漂移。
●對強保留的污染物，一般流動相強度不能將其從柱中洗出，會逐步在柱頭累積。
有時，累積在柱頭的污染物可作為新固定相對分析物起作用，引起保留時間改變、峰拖尾和峰分叉等。污染物在柱頭累積到程度，如果不采取措施，會堵塞填料間隙，引起柱壓上升。好的辦法是選用適合的溶劑沖洗溶解這些物質，同時又不對填料本身有損害。如聚合物柱中累積的蛋白類污染物可用pH13-14的強堿溶液洗掉，但這種方法不適合硅膠基質色譜柱。
1） 方制措施
1. 制樣時采用SPE固相萃取等方法，預先將色譜柱類的污染物質清理掉；
2. 連接保護柱:
●保護柱是分析柱的延伸，在填料類型和粒徑上應于分析柱一樣，才能大限度起保護作用，又不影響色譜性能。一個設計和裝填良好的保護柱，還可增加分析柱的分離效率。
●如果因某種原因需在保護柱中用不同的填料，也應選擇比其所保護的分析柱保留能力弱的固定相，這時的保護柱用于截住強保留物質，類似于SPE小柱。
●當保護柱柱芯保護功能用完時，也不能說不可再清洗后復用，但價格低不值得去花這個時間。
3. 經常對分析柱進行沖洗維護：
●流動相中沒有緩沖鹽:分析完成后，用甲醇（或乙腈）：水＝90：10反向沖洗色譜柱45min
●流動相中含有緩沖鹽:分析完成后，先用甲醇（或乙腈）：水＝10：90反向沖洗45min，然后再用甲醇（或乙腈）：水＝90：10反向沖洗色譜柱45min；（注意：甲醇（或乙腈）：水＝10：90容易長菌，使用時間不可過3天）。