一套液相色譜系統大致分為五個部分：流動相前處理部分、輸液部分、進樣部分、分離部分和檢測部分。
一、流動相前處理部分
流動相前處理主要包括過濾和脫氣，使用設備主要為溶劑過濾器、真空泵和超聲波。
1.過濾。HPLC所用流動相必須預先過濾和脫氣，過濾的作用是防止顆粒性的雜質堵塞系統，或影響單向閥的正常工作。過濾時需要注意濾膜的選擇，油膜和水系膜必須分開使用。水膜易有機溶劑溶解而進入系統導致泵流路和色譜柱頭的堵塞。
2.超聲。超聲的作用是去除流動相中的氣泡。超聲時間一般在20min即可。超聲后，液體溫度會升高，應冷卻到室溫再使用。超聲后的流動相若需隔天使用再次超聲。
二、輸液系統
輸液系統即是指高壓恒流泵，其作用是能提供穩定準確的流速。
1.溶劑過濾頭。吸液過濾頭，或稱沉子，主要作用是過濾流動相中可能存在的顆粒性雜質。長時間使用后，雜質有可能阻塞溶劑過濾頭上的過濾板孔隙;或長時間使用緩沖液，過濾頭表面容易產生一層膜，阻礙流動相正常通過。嚴重時，即使是已超聲過的溶劑，泵吸液時也會有氣泡在四氟輸液管里產生，因此應經常對過濾頭進行清洗。清洗溶劑可以選擇乙醇或者30%稀硝酸溶液，正相系統需注意濾頭的烘干處理。
2.單向閥。單向閥的作用是確保液體向一個方向流動，是高壓恒流泵穩定輸液的保證。日常使用過程中，可以通過觀察壓力的情況，初步判斷流量是否正常。如果系統已經平衡一段時間，壓力應該是穩定的。但如果壓力存在波動，則表明流量不穩定;如果無壓力，則表明無流量。這兩種情況大多是因為單向閥里混入了氣泡或雜質。混入氣泡的情況，應把放空閥打開，按沖洗鍵將里面的氣泡排出。單向閥混入雜質的情況，須對其進行清洗。清洗溶劑可以選擇乙醇，安裝時注意標記環的方向。
3.密封圈。密封圈是固定在柱塞桿上防止泵腔內的液體泄漏，是保證泵頭輸液正常的關鍵部件。但柱塞桿和柱塞密封圈長期使用會發生磨損，主要與流量、操作壓力和所使用的流動相有關。當使用含鹽的流動相時，由于脫水或蒸發，可能形成鹽結晶，而泵運動時鹽結晶會導致密封圈和柱塞桿的磨損。因此，每天實驗前和實驗后都需用純水沖洗一次密封圈(在柱塞密封圈和二級密封圈之間)，保持清洗管內有水以防止形成晶體，延長柱塞桿和密封圈的使用壽命。
4.在線過濾器。為了防止由于流動相雜質微粒進入色譜系統，泵在放空閥內安裝了在線過濾器，經泵出口流出的液體通過在線過濾器，經排空管流出的液體不通過在線過濾器。儀器使用一定時間后，建議用戶清洗在線過濾器的燒結不銹鋼過濾片。用扳手卸下壓帽，將密封環和燒結不銹鋼過濾片一同取出清洗，清洗后按原位裝上。清洗溶劑可以選擇30%稀硝酸溶液，正相系統需注意濾頭的烘干處理。
三、進樣系統
進樣系統分為手動進樣閥和自動進樣器。
1.手動進樣閥。對于手動進樣閥使用過程中需要注意每個樣品進樣完成后應對進樣閥進行清洗，防止殘留對下一個樣品分析的影響。還需要注意進樣方式，以20μL定量環為例，我們可以選擇完全充滿定量管或部分充滿定量管。為了保證進樣的重復性，選擇完全充滿定量管進樣方式時，需要注入定量環體積3倍以上的樣品;選擇部分充滿定量管進樣方式時，進樣體積應在定量管體積一半以下，即1-10μL。
2.自動進樣器。如果采用自動進樣器進樣，首先需要保證注射器里面沒有氣泡存在，否則影響進樣量準確性;其次是樣品瓶里面有足夠的樣品，保證進樣針能夠吸到樣品。為了避免交叉污染需要定期對樣品瓶、蓋和墊進行清洗。若自動進樣器長時間不使用，應該注意：腐蝕性的流動相或洗液(例如，堿性或酸性緩沖溶液)必須完全從系統中置換出來。同時，為了避免細菌的生長，應將一個樣品瓶中充滿甲醇，并重復幾次進樣操作。
四、分離系統
分離系統包括色譜柱、保護柱以及柱溫箱。
1.色譜柱。色譜柱是樣品分離的核心。色譜柱在使用前必須仔細閱讀說明書，了解色譜柱使用的pH值范圍、溶劑耐受范圍、壓力范圍和維護方法等事項。色譜柱使用完后，需及時對色譜柱進行沖洗。沖洗完成后，應該將色譜柱從儀器上拆下來，兩端用廠家配的堵頭密封后，保存在色譜柱盒里。
2.保護柱。保護柱的作用主要是防止吸附性強的雜質對色譜柱污染，從而延長色譜柱的壽命。針對不同型號的色譜柱，應選擇相對應填料的保護柱。應注意柱芯也是有壽命的，應該定期進行更換。
3.柱溫箱。色譜柱溫度變化，可能會導致保留時間的變化。為了避免這個問題，建議使用柱溫箱。
五、檢測系統
HPLC常用的檢測器是紫外檢測器。在日常使用過程中紫外檢測器主要需要注意檢測池和氘燈的使用與維護。
1.檢測池。檢測池長時間使用可能會造成污染，如果儀器的參比能量(REF ENERGY)正常，測量能量(SMPENERGY)偏低，可能為檢測池污染導致，可以對檢測池進行清洗。對檢測池零件的進行清洗，一般先采用約1：4的硝酸溶液超聲清洗，分別用純水和甲醇溶液清洗，然后重新組裝并將檢測池池體推進池腔內，擰緊池板螺絲。注意組裝中，池玻璃及墊片一定要放正，以免壓碎池玻璃，造成檢測池泄漏。
2.氘燈。氘燈正常使用壽命可在1500小時以上。燈的使用壽命與檢測器的使用時間和開啟頻率有關，因此使用過程中應盡量節省不必要的開機時間，減少開關頻率，以延長氘燈的使用壽命。如果準確地判斷出氘燈已經不能點亮或能量太低，則需要更換新的氘燈。在購買氘燈時，應注意咨詢和核對氘燈的型號與儀器型號是否匹配。更換到氘燈時，參照儀器說明書中的相關內容，特別要注意氘燈連接線的位置順序。
